L’INJS compte six (06) Divisions dont quatre (04) techniques à savoir :
- La Division des Sciences et Techniques des Activités Physiques et Sportives (DSTAPS) ;
- La Division des Sciences et Techniques de l’Animation, des Loisirs et de l’Éducation Civique (DSTALEC) ;
- La Division des Affaires Académiques, de la Discipline, du Contrôle Interne et du Suivi des Enseignants (DAADCISE) ;
- La Division de la Coopération, de la Recherche et des Stages (DCRS) ;
et deux (02) administratives notamment :
- La Division des Œuvres et de la Promotion de la Vie Associative (DOEPVA) ;
- La Division des Affaires Générales (DAG).