Placée sous l'autorité d'un Sous-directeur, la Sous-direction des Études, de la Planification et de la Statistique est chargée : de la préparation des dossiers relatifs aux projets d'investissement de l’INJS, en relation avec les services techniques compétents ; de l'instruction des dossiers relatifs à la passation des marchés ; du suivi de l'exécution des marchés ; du suivi de l'exécution des projets d'investissement...

Placée sous l'autorité d'un Sous-directeur, la Sous-direction du Budget, du Matériel et de la Maintenance est chargée : de l'élaboration, de l'exécution et du suivi de l'exécution du budget de l’INJS : de la gestion des approvisionnements généraux ; de la préparation et du suivi de l'exécution des marchés de l’INJS ; de l'acquisition, de l'entretien et de la maintenance du matériel et des équipements de l’INJS...

Placée sous l'autorité d'un Sous-directeur, la Sous-direction des Personnels, de la Solde et des Pensions est chargée : de la centralisation et de la mise à jour permanente des fichiers électroniques du personnel et de la solde de l’INJS ; de l'édition des documents de la solde ; de la centralisation et de la mise à jour permanente des fichiers physiques du personnel de la solde de l’INJS ; de la préparation des mesures d'affectation des personnels au sein de l’INJS, conformément au cadre organique et au plan d’organisation des effectifs...